UniProtからFoldseekを使って高速にタンパク質構造の類似性を検索する

https://doi.org/10.7875/togotv.2026. Foldseekは、立体構造に基づいて類似構造を高速に検索できるソフトウェアです。近年のAlphaFold などの構造予測技術の発展により急増した、タンパク質構造予測データを効率よく比較するために開発されました。この動画では、UniProtの構造ビューアからFoldseekへアクセスできる連携機能を通して、Foldseekの使い方を説明することで、タンパク質の立体構造解析に専門的でない方も直感的に理解できるように解説していきます。 ーーー目次ーーー 00:07 導入部 00:43 UniProtでE. coli由来のmurAを検索 02:43 Foldseekで大腸菌由来のmurAを検索する 05:12 結果の表示と説明 10:31 pymolで多重構造アライメント 10:49 まとめ 10:55 発展内容 11:11 注意点 ーーー参考リンクーーー ・Foldseekについて https://qiita.com/Ag_smith/items/63799b3beaa07c3990fe ・TogoTVの「UniProtを使って、タンパク質のアミノ酸配列とその機能情報を横断的・網羅的に調べる」 https://www.youtube.com/watch?v=VqGtn2cDBOk ・TogoTVの「PyMOLのコマンドを使ってタンパク質の構造を詳細に調べる」 https://www.youtube.com/watch?v=W_skfwG8eDE ・ペプチドグリカンとmurAについて doi: 10.1128/ecosalplus.ESP-0010-2020 -- 使用音楽クレジット [BGM] "From Here on In" Music by　Everet Almond from Youtube オーディオライブラリ [Ending] "Geneve" Music by Khaim : https://www.khaimmusic.com/ -- #togotv#DBCLS#bioinformatics#alphafold #uniprot #foldseek #protein