AlphaFold Protein Structure Database Clustersを使ってタンパク質構造が類似するクラスターを検索する

https://doi.org/10.7875/togotv.2026.020 AlphaFold Protein Structure Database（AFDB）Clusters は、2022年時点で約2億1400万件の構造予測タンパク質が登録されている AFDB を基盤として、構造ベースのクラスタリングを行うツールです。この動画では、ゲノムやタンパク質の立体構造解析に専門的でない方も直感的に理解できるように解説しています。本動画の視聴後には、様々なデータベースから研究目的に応じて構造類似タンパク質を検索することができます。 00:07 導入部 00:28 AFDB clustersの検索 00:52 mecA遺伝子のUniprotアクセッション番号：Q7DHH4 を使用してクラスターの検索 02:25 クラスター検索の結果 06:45 黄色ブドウ球菌由来のmecAのAccessionsからFold Seekを実行 08:03 Foldseek Searchの検索結果 13:27 発展内容 13:34 注意点 ・AFDB Clustersについて （https://doi.org/10.1038/s41586-023-06510-w） ・メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（MRSA）のβ - ラクタム系抗菌薬の耐性遺伝子mecAについて （https://doi.org/10.1038/s41467-020-19825-3） ・Uniprotアクセッション番号：Q7DHH4 （https://www.uniprot.org/uniprotkb/Q7DHH4/entry） ・β - ラクタム系抗菌薬に対するMRSAのPBP2aの低親和性について （ https://doi.org/10.1002/iub.1289） ・β - ラクタム系抗菌薬に対する腸球菌のPBP5の低親和性について （https://doi.org/10.1038/s41467-023-39966-5） ・TogoTVの「UniProtを使って、タンパク質のアミノ酸配列とその機能情報を横断的・網羅的に調べる」 （https://www.youtube.com/watch?v=VqGtn2cDBOk） ・UniProtからSPARQLを使って情報を取得する （https://togotv.dbcls.jp/20251027.html） -- 使用音楽クレジット [BGM] "May not" Music by Khaim : https://www.khaimmusic.com/ "From Here on In" Music by　Everet Almond from Youtube オーディオライブラリ [Ending] "Geneve" Music by Khaim : https://www.khaimmusic.com/ -- #togotv#DBCLS#bioinformatics #AI #Alphafold #uniprot #protein #deeplearning