Drepper: Dot Plot-based framework for repetitive sequence profiling

2026年1月7日に開催された、Bio"Pack"athon2026#1の、松本拡高氏による「Drepper: Dot Plot-based framework for repetitive sequence profiling」をお送りします。本講演では、原虫のアミノ酸配列のタンデムリピート配列を、機械学習しやすい特徴量に変換するツールDrepperについて紹介しています。 この講演動画は、Bio"Pack"athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。 Bio"Pack"athonでは、以下のような活動をしています。 ・パッケージ開発に関するミートアップ（月一開催） ・日本語によるパッケージング教材の拡充化 ・Bioconductorへの登録サポート パッケージングに興味がある方、パッケージ化したいデータベースや解析手法がある方は、ぜひお気軽にご参加ください。Twitterアカウント@biopackathonにて最新情報を発信しています。 ーーーーーー目次ーーーーーー 0:00 Drepper: Dot Plot-based framework for repetitive sequence profiling 0:33 目次 1:19 イントロ 1:20 タンパク質タンデムリピート（TR） 3:34 生物学的な問い 複雑なTRの特徴付け 5:34 原虫とは 8:02 原虫におけるTR 10:25 方法論 アルゴリズムの説明 11:31 Drepperの手順 19:16 結果 原虫における解析結果 19:17 クラスタリング + PCAの結果（2クラスタの意味付け） 23:52 今後の展望1 リピートに関する展望 25:48 今後の展望2 リピートに限定しない展望（系列データへの拡張） 26:30 まとめ ーーーーーーーーーーーーーー -- #togotv#DBCLS#bioinformatics